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公司若涉及不法逃漏稅，在有權調查處理逃漏稅的機關調查前，自動補報補繳可豁免處罰，但「有權調查處理機關」並不限於國稅局。南區國稅局轄內有公司因刑事案件經檢察官查獲後，才向國稅局補繳營業稅款，因不符合自動補報規定，仍被處以三倍罰鍰。

南區國稅局表示，按照稅捐稽徵法規定，納稅義務人若有逃漏稅款，在稽徵機關或財政部人員調查以前，或者被檢舉以前，自動向稽徵機關補報補繳漏稅款，可以免罰。但如果經檢察官查獲以後，才向稽徵機關補報補繳漏稅款，仍應受罰。

甲公司因刑事案件，經台南地檢署檢察官於93年3月11日傳訊偵辦，偵辦過程中意外發現甲公司另有漏開統一發票，因此通報南區國稅局進行查核。南區國稅局進一步查核結果，按甲公司漏稅額裁處三倍罰鍰。

行政法院判決理由指出，台南地檢署為有權調查處理逃漏稅的政府機關，不論甲公司漏稅案件以何種方式查獲，都屬於稅捐稽徵法第48條之1第1項所指「經檢舉」案件，由於甲公司在93年3月11日經檢察官傳訊，因此調查基準日應為93年3月11日，而非國稅發函調查日93年6月8日，由於甲公司在93年3月24日才補報補繳漏稅款，因此判決甲公司敗訴。